面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
2010年，超级大国“布里塔尼亚帝国”（Britannia）为了夺取日本的地下资源而侵略日本，在布里塔尼亚帝国强大的兵器Knightmare进攻下，日本在不到一个月的时间内被征服。日本被剥夺了自由、权利甚至是国家的名字，布里塔尼亚帝国将“日本”改称为“11区”，“日本人”这名词则被11这数字所取代。表面上看来布里塔尼亚帝国的统治似乎牢不可破，但其中早已出现了裂痕。 七年后的2017年，在生死边缘获得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亚帝国的黑色皇子鲁路修，以及获得第七世代人型机甲兰斯洛特，立志从帝国内部进行改革的白色骑士枢木朱雀，影响了整个世界。
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
第二季的女主角仍是第一季的六位女主角：少男杀手森岛遥前辈、爽朗的棚町薫、软绵绵的中多纱江学妹、丰满可爱的青梅竹马樱井梨穗子、帅气学妹七咲逢，以及班长绚辻词。而第二季的故事并不是橘纯一再次攻略所有女主角，而是在第一季的故事之后，以每人二话的长度，把六位女主角的魅力更深层呈现出来。
樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！
