当上帝和魔鬼都化身为矮胖的家猫被送到地球上时，一场永恒的冲突达到了史诗般的地步。
来栖黑悟（市川太一 配音）是一名普通的高中一年级学生，热爱歌舞伎表演的他做梦都想要能够以歌舞伎的形象登上舞台。然而，校园里却并没有歌舞伎社团，于是黑悟决定自食其力，创办了歌舞伎社。然而，想要建立一个社团必须要凑满5名社员，就这样，为了实现自己的梦想，黑悟开始了在校园中的奔走游说。 冷淡疏离不善言辞的村濑蜻蜓（梅原裕一郎 配音）、个性开朗渴望获得关注的阿久津新（逢坂良太 配音）、出身名门的大少爷蛯原仁（河西健吾 配音）、母亲是日本舞老师的丹羽花满（岛崎信长 配音），随着黑悟的努力，这些志同道合的好友们渐渐聚集在了他的身旁。
在上一次的风波后，已经过了一年，熏与葵的感情更加深厚，然而，他们并不知道他们即将面临他们一生中最大的考验，已经到了他们作出抉择的时刻了.......
在一个地方，宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物，叫他们收集魔法宝石，并且给露比等人魔法宝石箱...
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
