时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
为了书可以去做巫女！ 「比起一日三餐更喜欢书」的女大学生·本须丽乃转生成为士兵的女儿·梅茵的那个世界中，并没有书。 平民的识字率低下，羊皮纸做出来的书十分昂贵，是贵族老爷专属的东西。 于是梅茵做了一个决定。 “没有书的话，自己做出来不就行了” 在历经了各种失败之后，梅茵遇到了商人班诺，为了成为见习商人而完成了植物做的纸，但此时梅茵的身体却遭到「身蚀的发热」所侵蚀。 在贵族拥有魔力的这个世界中，偶尔会有带着魔力出生的平民。那即是「身蚀」。若没有用来吸取持续增长的魔力的魔术具，就会不久于人世。 此时，在洗礼式上发现了神殿图书室的梅茵，向神殿长提出直接谈判，想要成为见习巫女。一番争论过后，梅茵终于成为奉纳魔力的青衣见习巫女。 但原本赋予贵族的「青衣」由平民出身的梅茵穿上，招致许多人的不快，梅茵的下一步前途多难。 尽是问题儿童的侍从，神殿的阶级社会……。 与丽乃时代、下町时代有所不同的神殿的常识摆在梅茵面前。梅茵能够尽情读书的日子究竟会不会到来！？ 还有，梅茵能否顺利制造出书！？
「旭丘分校」的学生，仅有五人。 虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。 虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。 悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
