舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
人才云集的精英校·秀知院学园，在该校的学生会相遇的副会长·四宫辉夜与学生会长·白银御行。 无论任何人都认为十分般配的这两位天才，本以为很快就会喜结良缘，但碍于过高的自尊心而仍然未能告白！ “如何让对方告白”在这样的恋爱头脑战中穷尽智略的两人…… 其罕有的知性热失控！已经完全无法控制！ 恋爱让天才变成傻瓜！ 新感觉“头脑战”？恋爱喜剧，再次开战！
