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经过1800年的岁月洗礼，源自古老中国大陆的暗杀拳——北斗之拳终于迎来最强盛的时刻。掌门人琉泉收养的四位养子：拉奥、托奇、加基和健四郎经受住无数磨练，早已锻炼出强壮之躯。为了防止武功外泄，千百年来北斗之拳都严守着单子相传的铁规。面对四个强大的养子，琉泉最终选择更具悲悯之心的健四郎为继承人。这一决定，也导致了四兄弟的分道扬镳。与他们一同长起来的，还有自幼失去父母的尤莉亚。尤莉亚对健四郎心有所属，情愿与之绝走天涯。尤莉亚圣洁、美丽，不仅健四郎为之倾倒，拉奥、托奇甚至南斗水鸟拳的殉也深爱着她。也由此，这群末世英雄谱写了一段段悲壮感人的传奇诗篇……                                    
                               　　本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第二部。

　　在一场毁灭性的世界大战后，地球只剩机器人们和唯一人类女性存活着，而这少女名字就叫做『遥』，在其身旁有五位机器人们的相伴。而对于醒来之前的记忆都没有的遥，为了寻找其失去的记忆而离家出走，却遇到了同样是人类的少年卡那特……那么，人类真的就只剩下他们两人了吗？还是说，人类已经去了别的星球？

　　世纪末即将来临，然而，这究竟是地球新的开始，亦或是真正的末日呢？这一切都掌握在“天龙”和“地龙”的手中。平凡而冷漠的少年司狼神威（铃村健一 配音）在某一日拔出了封印在地底的神剑，与此同时，他即将面临一个困难的选择——保护地球成为“天龙”，或是毁灭地球成为“地龙”。14名谜样的男女聚集到了东京的土地上，他们分别是天龙七封印和地龙七御史，这14名身世复杂的男女要为了争夺地球而展开一场残酷的战斗。
　　神威选择了成为天龙，而出现在他眼前的，地龙的首领居然是自己儿时的挚友桃生封真（诹访部顺一 配音），封真当着神威的面杀死了自己的妹妹小鸟（能登麻美子 配音），从此，两人之间的宿命开始了流转。天龙节节败退，最后仅剩东京铁塔上的结界还在维持着运作，而当此结界被打破时，就是地球的终结之日。被预言必将失败的神威，能否扭转地球的命运？