现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
故事发生在一间名为达利亚学园的寄宿学校之中，这所学校矗立在孤岛之上，绝非外人轻易能够抵达。达利亚学园分为两派——东和国派与西众公国派，实际上，这两个国家之间正在进行战争，因此，两国的学生就读在同一所学院之中，气氛可谓是十分的紧张。 东和国的学生与西众公国的学生都有着他们专属的公寓，而犬冢露壬雄（小野友树 配音）和朱丽叶（茅野爱衣 配音）分别是两个国家学生之中的两名领袖人物。然而所有人都不知道的是，这两个人表面身份敌对剑拔弩张，实际上却是秘密恋爱的地下情侣，这一层关系一旦被别人知道，整个学校就将陷入混乱之中。
时代背景：人类过快的文明进步使得世界发生了“大变动”。人们为了使地球资源能够更有效地得到利用下去，在环境严酷的土地上建造了“园顶都市”生活在那里；而把环境相对较好的土地让给了动植物。但是，有的人却认为人们即使是生活在自己原本的土地上也是可以的，于是世界各地“返乡运动”的浪潮不断袭来，离开都市、回到自然。。。 主人公是一个生活在西伯利亚的园顶都市的少年，盖那(ゲイナー),他在网络虚拟对战游戏 OvermanBattle中的表现出众而得到了"king"的称号。日常生活盖那只是一个很平凡的少年，和死去的双亲一样他也对"返乡主义者"持有怀疑的态度；但是一天他却被突然出现的西伯利亚铁道警察带走拘留了起来，在监狱里盖那遇见了一个名叫盖恩的男子。有感于盖恩的特质盖那决定和他一同越狱，盖恩带着盖那潜入梅大优公爵的收藏室盗取"overman"以便逃出园顶都市，为了打败前来阻挠的西伯利亚铁道警备队，盖那第一次驾驶着真实的overman 开始了他的战斗。。。。。
