乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
传说中，世界上存在着名为“第四真祖”的吸血鬼，他的实力之强足以驾驭凶猛的十二眷首，脾性之邪恶即将散播让人类陷入绝望的灾难。为了找到并消灭这即将出现的末世魔王，狮子王机关派遣了名为姬桐雪菜（种田梨沙 配音）的见习剑巫少女，赋予其最强武器灵枪，命其前往弦神市。 让雪菜没有想到的是，传说中阴险可怖的第四真祖，其真实身份竟然是名叫晓古城（细谷佳正 配音）的平凡少年，他就读于私立彩海学园高中，和大多数高中男生一样，每日过着平静的生活。就这样，雪菜来到了晓古城的身边，充满了惊险与波折的“非日常”校园生活就此正式拉开序幕。
故事发生在圣米海洛夫学园之中，亚历山大（三瓶由布子 配音）是一位脸上有着十字架形圣痕的俄国少年，某日，他同名为织部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亚历山大背负着沉重的过去，他的姐姐被黄金炼金术师残忍杀害，复仇成为了亚历山大唯一的信念。在亚历山大的带领之下，织部真冬被卷入了炼金术师之间的激烈战斗之中，而她的命运将就此改变。 温柔善良的山边灯（丰崎爱生 配音）、害羞内向沉默寡言的泰蕾莎（茅原实里 配音）、个性高傲骄纵蛮横的千金大小姐辻堂美由梨（川澄绫子 配音），在学园之中，存在着的是这些活泼可爱个性迥异的女生们。亚历山大的到来又会带给她们怎样的意外呢？
2008年——因神秘的势力出现，动画、游戏、漫画、音乐、铁路、cosplay等所有御宅文化在日本被清除殆尽。收容相关商品、以保护的名义镇压御宅族。人们像是失去了自我般没有质疑。本以为御宅族被负责掌管秩序的组织“SSC”蹂躏灭亡。但是，夺回了被封锁的秋叶原、高举反旗的人出现了。 年轻的革命者“御宅英雄”——比谁都热爱御宅文化，比谁都热爱秋叶原的男人。还有仰慕他的三个魔法少女——“ANARCHY”“BLUE”“PINK”。 以2011年的日本为舞台，聚集在自由之旗下的御宅族们——秋叶原革命军，将与SSC首领“SHOBON”展开壮烈的战争。 混沌和秩序都被破坏，为了能说出尽情喜欢自己喜欢的东西的世界。 聚集在自由旗帜下的御宅族们，为了取回被夺走的文化，掀起OTAKU COUNTER CULTURE。
游戏原作是将龙和妖精这些出现在幻想世界中的生物进行拟人化的卡片RPG,而拟人化后的形象基本都是美少女的姿态。 故事则是讲述在和平美丽的行星AQUAFALL上,突然降落的陨石群放出了邪恶的东西,因此大地上的全部生物面临着要被消灭的危机,此时在AQUAFALL长大的龙族少女利维坦、巴哈姆特、约尔曼冈德、妖精塞罗普相遇了,并凭着各自共有的理念而一起迎击迫近而来的威胁。
