舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……
时值1980年代，江之岛的小学四年级的女生铃音凛（鈴音リン）父母双亡，她独自经营着食堂生活下去。
「你知道浦岛隧道吗？据说只要进入那条隧道，就能得到任何想要的事物；但相对地也会变老——」 高中生塔野薰听说了这样的都市传说，碰巧就在当天夜晚，发现了疑似传言所指的隧道。只要进入这条隧道，或许就能救回五年前过世的妹妹。 放学后，薰开始独自探勘隧道，却被转学生花城杏子发现。两人为了得到彼此想要的东西而携手合作。充满前所未有体验的惊奇夏天，即将开始。
《夜之小双侠》以系列作品中的反派角色“杜伦布贼党”的后裔为主人公。小双侠在打败杜伦布后所建立的王国并非如此美好，相反地却让人民饱受苦难。新生杜伦布的首领继承了多龙芝之名，向小双侠发动了复仇…..
エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」。大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！
