《饼干警长》故事发生在一个神奇的食品王国，王国里居住着各种各样的饼干人，他们单纯而善良，快乐地生活着，不按常理出牌的饼干警长与慢性子助手曲奇警员是王国的守护者，他们与妄图夺取王国统治权的霉脸大盗一伙斗争到底，在饼干城里展开了一系列有趣的警匪故事。
阳光明媚的一天，灰太狼和他老婆红太狼又一次向羊村发起攻击。不过这次灰太狼祭出了他的制胜法宝——可以把小羊瞬间烤熟的阴离子光球。一时间羊村大乱，灰太狼无往不利。关键时刻，喜羊羊拿来了村长的阳离子光球。结果两个光球发生激烈碰撞，导致时空严重扭曲，羊羊和灰太狼全部被卷入时空漩涡之中。当他们再次睁开眼，发现自己正置身一个鲜花盛开、和风送暖的美丽世界。羊羊们从蜜蜂皇后的口中得知，这里名叫古古怪界，一百年前曾有一个恶魔在此作乱，最终被蜜蜂的祖先封印在巨蛋之中。不凑巧的是，灰太狼夫妇无意中解开巨蛋的封印，恶魔黑大帅获得自由，并发誓毁灭光明道具，统治古古怪界。 为了阻止他的阴谋，羊羊们在自称先知的潇洒哥的帮助下，与黑大帅展开惊险刺激的对抗……
