2043年7月15日，带有能根据玩家的不同而千差万别，不，已进化到有“无限”可能的独立系统“胚胎“的VRMMO游戏＜Infinite Dendrogram＞发售。＜Infinite Dendrogram＞具备了之前的VRMMO所无法实现的，技术上被认为不可能的玩法，瞬间成为一股潮流席卷世界。＜Infinite Dendrogram＞发布一年后，结束高考后开始一个人在东京生活的青年”椋鸟玲二“，为了纪念漫长考试生活的结束以及被哥哥劝诱，而开启了＜Infinite Dendrogram＞。
表面上看来，藤宫香织（雨宫天 配音）是一个再平凡不过的高中少女，然而，很少有人知道，一种罕见的疾病让香织的记忆只能维持一周的时间。曾经感情要好的朋友、让人快乐的事情，只要一周的时间一到，就会统统忘记，背负着这样的痛苦，香织压抑了自己的感情，带上了冷酷的假面，过着离群索居的孤独生活。 香织诡异的性格让开朗乐观的男孩长谷佑树（山谷祥生 配音）感到十分好奇，他主动接近香织，提出了要成为朋友的请求。得知了香织的病情，佑树并没有退却，周复一周，他凭借着自己的善意，一次又一次地和香织成为了朋友，随着时间的推移，一种坚实的羁绊在两个年轻善良的孩子之间产生了。
弹道、优香和弘平三人是很会打棒球的国小5年级学生。弹道被高额的奖金吸引而迷上了高尔夫球，三人无意中遇见前职业高尔夫球手新庄先生，他的出现改变了他们的命运......高尔夫小子的奋斗物语正式上演！
“阿黄”和“阿红”是两只臭屁虫，住在一幢被摩天大楼包围着的老房子里。对他们俩而言，人类留下的廉价食物给他们带来了厨房体验，老房子里的老物什更是他们完美的玩物。他们互相打闹，争抢着那些人类不需要的东西，也一起被老屋中的宠物狗或者鹦鹉追赶。暴躁的“阿红”和贪吃的“阿黄”日复一日地上演着滑稽搞笑的生存游戏。
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
