故事讲述了三个女孩在动物伙伴们的帮助下拥有了神奇的动物之力，变身超级英雄抵抗邪恶势力，守护青竹城的和平与正义。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
著名贴吧表情滑稽回到贴吧世界后，发现有个跟自己一样的表情替代了自己在贴吧的位置。为了夺回自己的贴吧身份和地位，滑稽联合过气网红神烦狗一起，向假滑稽势力发起了挑战。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
