突如出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。 ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。 遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、 再び結成される第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」、 新たな501メンバーとして「服部静夏」も加わり ネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！ 果たしてベルリンの空を開放する事は出来るのか！？
アイドルユニットを結成する為に東京某所一軒家に集められた３人の美少女。 しかし、毎日、ゲームセンターでのバイトを指示されるばかり。 しかたなく、ゲームセンターでデビューを夢見てレッスンに励む…
大切な妹を守り統ける兄、長谷川現。純粋なまでに兄を慕う妹、長谷川夢.過酷な現実の中で、互いに寄 り添って生活をしたきニ人だったが、ある日、赤い蝶を見た夢は未知のウイルス「pupa」感染し異形の怪物 こ羽化、動物や人問を見境なく襲ってしまう. その事を知った現は「pupa」の秘密を知る研究者、マりアからウイルスの進行を抑える手段を聞き、自らの身体を生き餌として夢に棒げる事を決意するのだった…。
