并非此处的世界，并非此时的时代。 被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。 12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。 但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。 与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，究竟要如何将自己的祖国导向和平？ ——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……？
“放弃梦想的方法，我不知道——” 终于与“憧憬的高中生”凤树实现共演的星谷悠太， 以下一个梦想为目标，每天在绫薙学园音乐剧学科努力修行音乐剧。 但他马上就要面临“新的试炼”……！ 第2学期开始，“绫薙祭”的班级公演近在眼前。 这是初次不借助指导者的力量，仅靠自己来挑战的舞台。 星谷等人越过队伍的壁垒，和新的伙伴共同携手， 为了创造出最棒的舞台而充满干劲，然而……。 阻挡在这样的2年级生面前的，是终于现身的“华樱会”！ 他们所提出的绫薙祭改革的一环，就是华樱会策划的全新环节“开幕式”。 被选为演出者的学生将会是次期华樱会的最有力候补， 但作为代价，将无法参加班级公演！？ 青春喧闹音乐剧物语，最后的帷幕拉起的瞬间。
从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
在同学的眼中，森田真由（花泽香菜 配音）是一个沉默寡言的神秘女生。其实，真由的个性并非如此，母亲森田由美（七瀬亜深 配音）的教导影响了她的性格，导致真由每一次想要说话的时候，都在脑中进行着信息量巨大的深思熟虑，而正是这样的思考，另真由错过了最佳的应答时机，久而久之，落下了无口女的称号。 但是，这样的真由并不寂寞，率真坦诚的村越美树（戸松遥 配音），知识量充沛的三浦千寻（早见沙织 配音），单纯野性的松坂花（南条爱乃 配音），学习和运动皆是万能的山本（平贺三恵 配音），在这些同学的陪伴下，真由的学校生活常常充斥着数不尽的惊喜和笑料。
故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。 與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla Destiny Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。
