这是人类失去了制海权的世界。蹂躏着大海的威胁，就是那「深海栖舰」。可以与这些威胁对抗的只有，被称为「舰娘」的拥有着往昔舰艇的灵魂的女孩子们——。 与深海栖舰进行对抗的舰队据点，「镇守府」。在那里聚集着多种多彩的舰娘。同时，镇守府是舰娘们通过一日一日的演习等互相切磋琢磨技艺、共同生活着的地方。于某一日，在这镇守府，一位舰娘到任了。 她是，特型驱逐舰—。 其名为「吹雪」。 「我叫吹雪！请多指教！」 吹雪的，以及舰娘们的故事，现在开始了。
1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。 远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
