在枪与钢铁的世界“Gun Gale Online”享受着单人游戏的女性玩家·莲。喜欢可爱事物的她，全身清一色的粉红色装备，不断累积游戏经验，并逐渐增强实力。之后，由于某件事而对于PK（玩家狩猎）觉醒了兴趣的莲沉迷于PK中，并终于到达被人称作“粉红恶魔”的地步。 这样的莲，与神秘的美女玩家·Pitohui相遇，并和她意气相投。莲按照她所说的，参加了小队作战活动“特攻强袭”。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
时值纪元前——至此未曾经历大一统的中原大陆，正处于长达500年的春秋战国时代。主角是生于严苛的战乱之世的少年——信，他是秦国境内一个立志成为大将军的年轻人，却因故卷入春秋战国的秦国宫廷内斗(秦始皇幼年时期) 。他将以一己之力于天下留名！
他为了能够死亡，选择了侦探之路…… 时值2030年代。聚集于谜之侦探·明智小五郎身边的「少年侦探团」，他们凭借着自己的行动力，解决了许多大大小小的事件。 某一日，成员之一的花崎健介与谜之少年·小林芳雄相遇了。由于「不明雾霭」而成为了“死不了”体质的小林，渴望着自身的死亡，拒绝着与他人的接触。 对着这样的小林抱有了兴趣的花崎，向小林提案「加入『少年侦探团』吗」。 小林与花崎，他们的相遇终是与世纪罪犯·怪人二十面相和明智小五郎之间的因缘相缠结，他们两人的命运就此转动…
