故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。 在寻找协奏曲的过程中，魔仙们之间的友谊进一步加深，虽然他们制定的计划总是会遭到无音和她的手下们的阻挠，但是只要魔仙们齐心协力，就没有闯不过去的难关。最终，魔仙们胜利了，优美的音乐声回荡在魔仙世界的上空。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
随着伍六七回到玄武国寻找他的身世，亦引起了七大暗影刺客的追捕。然而每一位暗影刺客都带着不同的目的和不同的过去，青凤的阴谋也在此浮出了水面。而此时等待着小鸡岛上的人民，又将是另一个危机，伍六七将如何面对他的抉择？
