恐龙战队再度与复仇归来的掌控者及其制造的魔方怪物们斗智斗勇，全力保护恐龙城市的故事。在愈发艰难的战斗过程中，恐龙战队成员们在新伙伴冰凝的技术支持下，运用魔方手表陆续召唤出了全新的数码恐龙和电磁恐龙，靠着智慧与谋略和不屈不挠的精神，成功击败了掌控者及其怪物军团，维持了社会的秩序，恢复了城市的安宁。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
聂离通过期末测试成功进入天才班，并得到了肖凝儿的红玉。学期结束时，他回到天痕世家，却遭遇了黑暗公会的来袭。聂离单枪匹马击退了黑暗公会的执事李云华，但在家族会议上却遭到了长老们的刁难。幸运的是，杨欣的出现为聂离解围，使他得以将神圣世家与黑暗公会勾结的秘密告知炼丹师协会。聂离购得梦魇妖壶后，专心炼制妖灵，创造了虎牙熊猫。随后，他参加了神圣世家举办的天才战，并与长老沈冥打赌。虎牙熊猫凭借强大的技能战胜了沈飞、沈宁和沈啸，声名大噪。作为优胜者，聂离正式进入城主府，并与叶紫芸关系更加密切。 在城主府的天生幻境中，聂离与萧凝儿邂逅了叶延始祖。叶延始祖对聂离的才华印象深刻，并见证了聂离收服了幻境中的天陨神雷剑，自愿成为聂离的灵傀。离开城主府后，聂离与陆飘等人遭遇了黑暗公会的埋伏，但他们成功将李云华和沈冥一并打倒。事件暂告一段落后，聂离接到了叶修的委托，开始着手建造万魔妖灵大阵。
顺利通过期末测试的聂离，进入天才班的同时收获了肖凝儿的红玉。在学期结束时，回到天痕世家，恰逢黑暗公会来犯。聂离以一己之力击退执事李云华，却在家族会议上被长老刁难。所幸杨欣到场替聂离解围，于是聂离乘机将神圣世家和黑暗公会暗中勾结的秘密传达了给炼丹师协会。借助从拍卖会上买下的梦魇妖壶，聂离专注炼制妖灵，虎牙熊猫就此诞生。随后趁势参加神圣世家举办天才战，并与神圣世家长老沈冥立下赌约。虎牙熊猫技压全场，连胜沈飞，沈宁，沈啸三人，一鸣惊人。作为优胜，聂离名正言顺入住城主府，离叶紫芸更近一步。进入城主府中的天生幻境，聂离和萧凝儿一同遇见了幻境中的叶延始祖。被聂离的才学折服的叶延始祖，又目睹聂离收服镇压在幻境中的天陨神雷剑，于是自愿被聂离制作成为灵傀。离开城主府，聂离陆飘等人遭遇黑暗公会埋伏，却趁势将李云华和沈冥一网打尽。事件告一段落，聂离接到了叶修委托，着手建造万魔妖灵大阵。
书院开学啦~！非物质文化遗产小剧场即将开讲啦！我们的生活中都隐藏着哪些有趣的非物质文化遗产呢？可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？一起去找一找吧！
