在海底大都市世界，有一颗能够吸收海洋污染的“海洋之星”。在一次羊狼争夺的过程中，“海洋之星”分裂成诸多碎片，散落在海里。为了收集更多碎片，掌握“海洋之星”控制权，小羊们和灰太狼斗智斗勇，在海底上演一场又一场的收集碎片竞赛。
新的学年开始了，洛克和他的伙伴们努力学习，向最高难度的徽章发起挑战。然而，当洛克王国洛克和朋友们初次踏入幽暗空间时，却得知学院遭遇了空前的危机，播出由于时光扭曲，他们回到一个月之后的学院，此时学院已经完全沦陷，所有学生和老师都被恩佐控制。洛克和伙伴们想尽办法回到了原有的时空，找出的圣光羽石，粉碎了恩佐的阴谋，学院的危机被悄悄解除。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
