直至魔女消逝

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。                                                                      　　个性阳光开朗，运动万能的大门界人（浅沼晋太郎 配音）、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门（福山润 配音）、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克（宫田幸季 配音）、学生会会长轴川总司（石田彰 配音），在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

人気カードゲーム“デュエル・マスターズ”を題材とした松本しげのぶの同名マンガを原作とするテレビアニメ。監督はこれまでアニメ「デュエル・マスターズ」シリーズを手がけてきた鈴木輪流郎、シリーズ構成はテレビドラマ「MUSICAL 3」「FACE-MAKER」の脚本を担当した田辺茂範、キャラクターデザインは前作「デュエル・マスターズ クロスショック」に引き続き平岡正幸。                                                                      　　デュエル・マスターズ伝説のデュエリストである切札勝舞の弟、切札勝太。勝太がガリ勉のベンちゃんに呼び出され公園に行くと、そこでは何とデュエマの大会が開催されていた。デュエマ嫌いの勝太は逃げだそうとするが、ベンちゃんたちのライバルであるドラゴン龍にバカにされ、怒りのあまりデュエマ勝負を挑むことになり…。