没出息的阴阳师晴明逆袭归来！摇身一变成为日理万机的阴阳寮会长，手下统领无数阴阳师制霸京都，呃……并不是，以上都是各位的错觉。晴明依然是那个没出息的晴明，即使创建了一个小小的阴阳寮，但伙伴们也个顶个的都在状况外，而晴明也将和这些新伙伴们一起，继续自己摸鱼逗比的小日子。只是这一次，或许有些不同了……
七星六明一无踪，隐隐现现神秘光。 六王霸守东西线，一君独占南北方。 空间变异、九界逆乱，破碎的清圣桥传来警告，仙岛侵略随即而来，率先拿下中苗地界，俏如来等人遭遇空前危机，六合善士、秘雕介入战局，原来眼前灭绝希望的景象，竟牵涉到一部号称完整的历史文本，仙岛七王意欲一统九界的动机为何？背后运筹帷幄的幽兰孤芳君，究竟是何来历？万顷烽烟，瞬息开局！
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
话说玉皇大帝安排唐僧师徒整理天庭档案后。搞得整个天庭鸡飞狗跳，玉帝被众神仙堵在了凌霄宝殿门口。众仙情绪激动，以不成功便成仁的誓死精神逼迫玉帝撤职查办师徒四人，还要登报道歉，摆酒赔钱。虽然玉帝也早就后悔死了，但毕竟人家是如来佛祖的关系户，而且天庭档案管理的工作又是自己安排的，现在开除他们好像也有点自抽耳光，思量再三，决定祸水要流外人田，让这几个狗血的家伙到自己的远房表哥宙斯和堂兄奥丁那里去。
