恐龙战队再度与复仇归来的掌控者及其制造的魔方怪物们斗智斗勇，全力保护恐龙城市的故事。在愈发艰难的战斗过程中，恐龙战队成员们在新伙伴冰凝的技术支持下，运用魔方手表陆续召唤出了全新的数码恐龙和电磁恐龙，靠着智慧与谋略和不屈不挠的精神，成功击败了掌控者及其怪物军团，维持了社会的秩序，恢复了城市的安宁。
故事主要讲述了女主角桃园奈奈生因好赌而欠债的父亲不知去向，被讨债的人赶出了家。在走投无路之时，她帮助了一位被狗追的懦怯的男人，得知她的遭遇后神秘的男人说出了「我把我的家转让给你吧。」这样出奇的话……
有一个外号邋遢大王的小男孩，他特别邋遢，不讲卫生，信奉“不干不净，吃了没病”。这天，鼠王想征服人类、称霸世界，于是想找个人来当他的细菌武器的试验品。鼠国密探看中了邋遢大王，因为只有他会吃不干净的东西，于是，邋遢大王喝了被老鼠下了药的橘子水后，身子变成了和老鼠一样大小，被老鼠密探骗到了老鼠王国！来到老鼠王国后，邋遢大王真正感到后悔了，想回家却又无奈被关了起来。幸好邋遢大王认识的好友小猫小狗把鼠博士准备在他身上做实验的换掉了，邋遢大王才逃过一劫。邋遢大王最终能否逃出鼠国？
《纳米核心》共将推出三季，每季有26集，预计在明年年底公映。在7月12日CCG现场，“海岸线”动画工作室将首发《纳米核心》第一版宣传片。
