2060年，世界组织为解决各种超自然危机，在全球范围内挑选精英特工组建了危情局。危情局又挑选精英中的精英，组成一个王牌小队，取名为魅影。三年前，在一次接收宝物的任务中，由于队长昊远的轻信，导致了魅影小队被戴瑞克小队偷袭，几乎全员阵亡。昊远自己也被戴瑞克栽赃并落入悬崖。然而，目标宝物-永生石意外进入昊远体内，使他死而复生，还获得了操控时间的异能，拥有了时间静止、时间倒流等超能力。我们的主人公从此开始过上了逃犯的生涯。昊远不愿面对过去，选择隐姓埋名，过着平淡的生活，一心守护着战友的妹妹-顾小溪。可天意弄人，Y城出现了一种蓝色病毒，感染者皮肤出现蓝色纹理，然后一点点遍布全身，最终死亡。而顾小溪，也被感染了。为了破获蓝色病毒事件，拯救顾小溪，昊远回归危情局。与性感干练的特工御姐——夏柔、古灵精怪的天才萝莉——童晓晓、混迹江湖的中二大佬——展鹏等怪咖临时凑在一起，组成了另类的魅影小队。而我们传奇故事从此开始。
小咖与神奇的咖宝团队一直守护着大自然与城市安全，拯救各种危机。新一季中，他们将迎来更多挑战，捣蛋家族胡乱使用科技装备，制造如失重漂浮、狂风暴雪、沙尘危害、流星坠落等破坏事件。作为城市小卫士，小咖带领咖宝们勇敢出击，消除险况。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平
