《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
一段消失在尘烟的文明，远古的大佬们谋求着各自的成皇之路。一颗本为棋子的现代青年姜浩，为了找寻父亲的下落，踏入史前的大荒。借着自身并不完整的“充电宝”图腾，他与人斗，从原始部落到神秘的古城，他杀出一条生路；他与地斗，穿越大荒，猎杀远古的凶兽，从凶兽的身上，学会古老又神秘的图腾巫术；他与天斗，天外魔光乍现，要吞噬这瑰丽的六荒之地，他逆流而上，点燃自己，化为太阳，与天魔而战！搅天动地的他，殊不知命运的枷锁已经将其套牢，而父亲的微笑依然萦绕。
阿衰是一个弱势“坏学生”，他幽默滑稽、调皮捣蛋、擅长幻想、不讲卫生、最爱吃臭豆腐、上网，总是又倒霉又糗！上课睡觉，抄别人作业，喜欢放屁……阿衰这些坏习惯弄出了不少笑话。为了帮助阿衰改变，老师让阿衰当上了扫地组长。阿衰从此积极上进，半夜就到学校把校园扫的干干净净。最终，期末班干部表彰大会上，阿衰被评上了优秀班干部。爱哭的阿衰还有小冲、庄库、长条这几位“好朋友”，伴随着阿衰度过丰硕的校园生活。
三百年后的奇轮星，地球和奇轮星可以通过奇轮火车来往，奇轮射手和奇轮人自由组成搭档进行奇轮对战比赛！但以罗伦为首的黑暗兵团正策划着一个以毁灭奇轮星为目的的阴谋。在《激战奇轮》中第一代的奇轮王烈焰，收到现任奇轮女王凤凰的召唤来到了这里，与李小萨成为搭档参加奇轮大赛。在比赛的过程中，结识了吴官月、陈石武等怀着共同梦想的小朋友。大家从相识、互相了解，到最后共同领悟奇轮魂的真谛，击败毁灭战神，化解奇轮星的危机。在一次次的战斗过程中，小朋友们学会了相互理解、团结友爱、永不言败的精神，明白到只要付出努力，就能得到成功的真正意义。
