远古巨兽，现代人类，未来科技，时空混乱的荒岛；石器时代，动力时代，电气时代，飞速发展的荒岛文明。流落无人荒岛，开局一个系统，秦天从零开始求生。校花女神，金发御姐，暴走萝莉，我统统都要；驯金雕，收狼王，退巨蟒，这座荒岛，由我做主！
恐龙战队再度与复仇归来的掌控者及其制造的魔方怪物们斗智斗勇，全力保护恐龙城市的故事。在愈发艰难的战斗过程中，恐龙战队成员们在新伙伴冰凝的技术支持下，运用魔方手表陆续召唤出了全新的数码恐龙和电磁恐龙，靠着智慧与谋略和不屈不挠的精神，成功击败了掌控者及其怪物军团，维持了社会的秩序，恢复了城市的安宁。
天元的宇宙决战后，濒死的罗煞在千钧一发之际，被远古超文明时代爆裂帝王——猎天魄所救，来到地球。罗煞为了复仇，企图集齐6枚隐藏在遗迹里的爆裂晶片，复活猎天魄，利用其征服世界。飞伦和擎锋从天元宇宙胜利归来，高兴之余在极寒之境遗迹中再度遇见被打败的罗煞，得知其意图复活猎天魄、统治世界的野心。于是飞伦、擎锋与周皓博士联手，开始了抢夺爆裂晶片、阻止猎天魄复活的行动，踏上了前往世界各地的遗迹之旅。
