一代武帝被害而陨落，万年之后重生在一位名为秦风的少年身上。觉醒无上神魂，修炼无上武道，从此风起云涌与无数天骄争锋，诸天万界都将因为他的回归而颤抖！
新天眼将主线设定为孩子们在生活中所面临的一些问题，比如说成长、梦想、教育、环保等，整个故事情节十分贴近生活。天眼和好朋友们的一个个生活小故事中展现了许多善良诚实、积极乐观、团结友爱的中华民族优秀品质，让孩子们在观看多彩动画的同时还能汲取一些精神养料。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
