ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
从幼儿园起，藤田浩之（一条和矢 配音）和神岸明（川澄绫子 配音）就是青梅竹马的好朋友。浩之的性格有些懒散，但在内心里十分的善良；明天真无邪，有着邻家女孩的甜美与可爱，这样的两个人是他人眼中天设地造的一对，他们更是早已结下了永远都要在一起的海誓山盟。作为两人共同的朋友，长冈志保（樋口智惠子 配音）和佐藤雅史（保志总一朗 配音）对这二人之间的感情充满了真诚的祝福。 崭新的高中生活展现在了四人的眼前，可是，一些小小的阴霾打破了原有的平静生活。志保发现，自己无论如何也移不开投射在浩之身上的目光，志保无可救药的喜欢上了浩之。为了维持难得的友谊，志保决定将心意藏在心底，但随着爱意的不断加深，三人之间的关系第一次被推到了风口浪尖。
在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。 很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。
无论外表还是内在，相川步（间岛淳司 配音）都只能说是一个平凡无奇的普通少年，然而，一次诡异的遭遇却彻底改变了他原本波澜不惊的生活。社会上流传着令人闻之色变的连环杀人案，相川步做梦都没有想到，某一天，他会和这一案件扯上关系，而在案件中，他的身份是“被害者”。 本以为短暂的一生就此走向终结的相川步眼前出现了名叫优（月宫绿 配音）的神秘少女，正是少女的力量令相川步获得了起死回生的“特殊待遇”，然而，尽管相川步回归了人间，但他再也不能够重新做回人类，而是变成了僵尸。就这样，相川步被卷入了魔法少女和吸血忍者们所构成的奇异世界之中，会有怎样的故事在等待着他呢？
仓下月海是一名梦想着成为插画家，并且非常喜欢水母的女孩。她为了梦想而来到东京，后入住了女生公寓“天水馆”，这里的住客大多是宅女，对她们来讲拥有时尚感的人就全是她们的敌人。一天，为了营救水母，月海遇到了一名超美的伪娘。于是发生在宅女、伪娘之间的故事就此展开。
