由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
坂本拓真（水中雅章 配音）在游戏中的名字是迪亚布罗，操作技巧十分高超的他实力可怕，是被别的玩家称之为“魔王”的存在。一场意外中，拓真竟然真的来到了游戏中的世界里，在那里，他遇见了塞拉（芹泽优 配音）和雷姆（和气杏未 配音）两名女子。两人同时对拓真释放了驯服召唤兽的奴隶法术，没想到却遭到了反噬，本来想要奴役拓真的两人，反倒成为了拓真的奴隶。 这尴尬的情况让拓真感到十分为难，因为拓真虽然拥有着高强的法术，但却十分不擅长和女孩子打交道。活泼开朗毫无戒心的赛尔维（大久保瑠美 配音）、外表温文尔雅内心却十分腹黑的艾丽西亚（原由实 配音），接二连三出现在拓真身边的，是这些可爱的女孩子们。
“在我遇见他之前，我是不相信（奇迹）那种东西存在的。”带着这样的想法，漆叶凛华在回家路上发现了“飞在空中的企鹅”为了一夜暴富的凛华追踪企鹅的时候遇到了发光的鱼群，在追寻“飞在空中的企鹅”时，与空中飞过的光之鱼接触后失去了意识。第二天醒来，身体竟然穿过了地板！？同时东京出现了大量的超能力觉醒者。
