『鋼鉄ジーグ』から50年後の2025年。九州全域は50年前に発生した謎のゾーンに覆われたままになっていた。 その九州に近い下関にハニワ幻神（げんじん）が再び出現。草薙剣児は鋼鉄神ジーグのパイロットとなり、幼馴染の珠城つばきや親友の美角鏡らと共に新ビルドベースの下、妃魅禍率いる邪魔大王国に戦いを挑む。
トレジャーハンターになろうぜ 目指すはただひとつ、世界最強の英雄だ かつてそんな誓いを交わした六人の中でひとりだけ圧倒的に才能がなかった少年がいた。 ある日挫折を口にした彼に、幼馴染は言った。 「クライ、お前、特に役割ないんだからリーダーやれよ」 才能があり過ぎる怪物達（=幼馴染達）で結成されたパーティ《嘆きの亡霊（ストレンジ・グリーフ）》は数年にしてその名を帝都中に轟かせ、そのてっぺんに据えられた彼はあれよあれよという間に最強パーティのリーダーとして祭り上げられた。 跳ね上がる周囲からの期待により彼の言動はいつだって勘違いされ、事態は予想もしない展開に…。 これは、最強パーティのリーダーにして最強のクランマスターとして名を馳せるクライ・アンドリヒの栄光と苦悩に満ちた英雄譚である！
新ダークヒーラー誕生！ 闇医者ならぬ闇ヒーラーは怪我を治し、人を癒し、世も正す…？ 「お前最近何もしていないよな、ぶっちゃけもういらないんだ」 冒険者パーティから役立たずと言われ、一枚の金貨を手切れ金に追放された治癒師の青年ゼノス。 貧民の生まれで、自己流の治癒魔法を使うゼノスは治癒師のライセンスも持たない。行く先をなくしたゼノスが路地を歩いていると、腹を刺された瀕死のエルフの少女リリと出会う。 「大丈夫だ、この程度なら助かる」 「……あれ、痛くないし傷もない。なんで元通りになってるの！？」 貧民街の外れにある廃墟街にひっそりと開業した治療院を舞台に、 無免許天才治癒師による無自覚最強ファンタジーが始まる―。
拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。 当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。 当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
