小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
在那遥远的宇宙那一边，来自未知世界的威胁正在步步逼近，恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来…… 西历2000年，伴随着人类科学的不断发展，人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“（时速500公里，行程1.5小时）的开通式上，素不相识的比利·其姆拉，贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了…… 比利和贝尼开始追查事件缘由，经过调查，他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件，事实真相被不置可否地掩盖，人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因，设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”，与即将发生的恐怖事件相对抗。 在偶然的机会下，比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动，二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……
坂本拓真（水中雅章 配音）在游戏中的名字是迪亚布罗，操作技巧十分高超的他实力可怕，是被别的玩家称之为“魔王”的存在。一场意外中，拓真竟然真的来到了游戏中的世界里，在那里，他遇见了塞拉（芹泽优 配音）和雷姆（和气杏未 配音）两名女子。两人同时对拓真释放了驯服召唤兽的奴隶法术，没想到却遭到了反噬，本来想要奴役拓真的两人，反倒成为了拓真的奴隶。 这尴尬的情况让拓真感到十分为难，因为拓真虽然拥有着高强的法术，但却十分不擅长和女孩子打交道。活泼开朗毫无戒心的赛尔维（大久保瑠美 配音）、外表温文尔雅内心却十分腹黑的艾丽西亚（原由实 配音），接二连三出现在拓真身边的，是这些可爱的女孩子们。
白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。 “武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。 但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。 另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。 在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！
