旧日的旅程画上了终点，新的旅程即将拉开序幕。近日里，创界山很不太平，怒鸣神家族蠢蠢欲动，开始收集起了创界山人民的善心，一场精心策划的阴谋正在酝酿之中。战部渡（田中真弓 配音）亦不能幸免，丢掉了善心，因而变成了调皮捣蛋的熊孩子，火美子（林原惠美 配音）和武一郎（西村知道 配音）得知此事找到了战部渡，将他从龙神町带回创界山。 魔王收集善心的目的是为了打造世界上最坚硬的铠甲，凭此统治创界山，在战斗之中找回理智重新振作的战部渡决心一定要粉碎魔王的阴谋。战部渡驾驶着龙神丸，在各个界层里穿梭，收集神圣力量以对抗魔王，在和魔王激烈的交战之中，战部渡能否获得最终的胜利？
第三季的标题确定为「二人是MilkyHolmes」,与前两季不同的是这次每话只有12分钟。剧情方面,新作的时间设定是前作的两年后,稍微成长了一点的MilkyHolmes四人,将会迎来和美和爱丽丝两位后辈,而随着两人的加入侦探小组的名称也改为"MilkyHolmesFeathers"。by:yakubd.cc
描述一只黑灰斑纹的小猫跟丢母亲又找不到回家的路，在筋疲力尽累瘫之际巧遇一个跌倒的小男孩，从此由男孩一家暂时照顾。因男孩家为禁止饲养宠物的公寓，一家人还得费尽心机不让邻居发现小猫的存在，只是偏偏一直找不到饲主又和小猫日久生情。在经历某些事情后，一家人终于搬到新公寓展开全新的生活。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
