时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
他为了能够死亡，选择了侦探之路…… 时值2030年代。聚集于谜之侦探·明智小五郎身边的「少年侦探团」，他们凭借着自己的行动力，解决了许多大大小小的事件。 某一日，成员之一的花崎健介与谜之少年·小林芳雄相遇了。由于「不明雾霭」而成为了“死不了”体质的小林，渴望着自身的死亡，拒绝着与他人的接触。 对着这样的小林抱有了兴趣的花崎，向小林提案「加入『少年侦探团』吗」。 小林与花崎，他们的相遇终是与世纪罪犯·怪人二十面相和明智小五郎之间的因缘相缠结，他们两人的命运就此转动…
つくしあきひとの同名コミックを原作とするテレビアニメ「メイドインアビス」の劇場版。隅々まで探索され尽くした世界に唯一残された秘境の大穴「アビス」。深く巨大なその縦穴には奇怪な生物たちが数多く生息し、今の人類には作ることのできない貴重な遺物の数々が眠っている。アビスの縁に築かれた街オースで暮らす孤児の少女リコは、偉大な探窟家だった母の白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意。記憶を失ったロボットの少年レグとともに、様々な困難を乗り越えながら冒険を進めていく。深界四層で出会った“成れ果て”のナナチも仲間に加わり、ボンドルドの待つ深界五層へと足を踏み入れた彼らは、そこでプルシュカと名乗る少女と出会う。
