1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
突如《見えざる帝国》の襲撃を受けた尸魂界を救うべく、 死神代行・黒崎一護は、躊躇うことなく戦いに身を投じる。 だが、滅却師の始祖・ユーハバッハの命を受けた星十字騎士団の侵攻により、 多くの死神たちが次々と無惨に散っていった。 卍解を奪う手段をも持つ星十字騎士団の面々に、護廷十三隊は隊長格すら苦戦し、 奮闘する一護もまた、ユーハバッハを前にしては力及ばず、刀を折られてしまう。 斬月を治せず失意の一護に、父・一心が語った過去。 己を知り、決意と共に再び立ち上がった一護は今、導かれ修練の時へ踏み出す。 新たな力をその手に、大切な仲間を、全てを護るために――。 一方、一護とは異なる行動をとっていた、滅却師の末裔・石田雨竜。 記録を紐解き真実を求めた雨竜が辿り着いた答えとは――。 ユーハバッハが指名した「後継者」が《見えざる帝国》に波紋を呼び、 戦況は新たな局面へと様相を変えていく。 『世界の終わる９日間』 瀞霊廷は闇に消え、やがて訣別の刻が訪れる――。
魔界の悪魔、通称「邪神ちゃん」は、 ある日突然人間界に召喚されてしまう。 彼女を召喚したのは、神保町のボロアパートで暮らす ちょっとブラックな心を持つ女子大生「花園ゆりね」。 「邪神ちゃん」を召還したものの 彼女？を魔界に帰す方法がわからない。 仕方なく一緒に暮らし始めた邪神ちゃんと「ゆりね」だが、 「邪神ちゃん」曰く、「召喚者が死ねば魔界に帰れる」。 そこで邪神ちゃんがとった行動とは……!?
