时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”，但举止、知识、品味、料理、武术等等没有任何事能难得倒他！塞巴斯蒂安的主人，是年仅12岁就位居凡多姆海伍家族的当主——夏尔。夏尔不仅只花了短短3年的时间，就让凡多姆公司成为英国最大的零食玩具制造商，更在台面下为女王执行秘密任务，因此又被称为“邪恶贵族”！塞巴斯蒂安除了负责照顾谢尔的日常生活起居之外，还得帮成事不足、败事有余的家仆们收拾善后。最重要的是，塞巴斯蒂安必须因应谢尔各种任性的要求，优雅达成不可能的任务！“身为 凡多姆海恩家的执事，怎能连这点小事也办不到？”为了主人夏尔，塞巴斯蒂安将尽心服侍、实现主人所有的愿望。
两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。 遷都計画が進むヴァールハイト帝国に暮らすふたりの青年―― 運送屋の仕事に励む少し臆病なイヌマエルと、 帝国の新米兵士で世間知らずのレオカディオ。 片方は大切な妹、もう片方は兵士としての未来に思いを馳せながら 帝都での日常を送っていた。 一方、帝国ではかつて世界から数多くの生物を消滅させ、 凶暴な魔物を世に放った厄災 “光”の再来が予言され、人心は荒廃。 そんな中、とある密輸事件をきっかけに、イヌマエルとレオカディオの運命、 そして帝国の歴史が激変していく。
作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
拥有可以毁灭世界之能力的魔王阿诺斯（铃木达央 配音）因为厌倦了打打杀杀，被所有人恐惧的生活，而选择了转生，来到了两千年之后。让他没有想到的是，这个世界因为失去了魔王的威胁，魔法日渐衰落，他的子孙们一个个的都成为了手无缚鸡之力的软蛋。 阿诺斯进入了专门培养魔王转生者“魔王学院”就读，哪知道自己竟然在那里被打上了“不适任者”的标签，所有的人都瞧不起他。只有一位名叫米夏（楠木灯 配音）的少女和其他人不一样，对待阿诺斯非常的亲切，于是阿诺斯决定让米夏成为自己的部下，并发誓要展现自己真正的实力，一步一步的爬上魔族阶级制度的最顶端。
《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中，故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上，在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
