故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
在同学的眼中，森田真由（花泽香菜 配音）是一个沉默寡言的神秘女生。其实，真由的个性并非如此，母亲森田由美（七瀬亜深 配音）的教导影响了她的性格，导致真由每一次想要说话的时候，都在脑中进行着信息量巨大的深思熟虑，而正是这样的思考，另真由错过了最佳的应答时机，久而久之，落下了无口女的称号。 但是，这样的真由并不寂寞，率真坦诚的村越美树（戸松遥 配音），知识量充沛的三浦千寻（早见沙织 配音），单纯野性的松坂花（南条爱乃 配音），学习和运动皆是万能的山本（平贺三恵 配音），在这些同学的陪伴下，真由的学校生活常常充斥着数不尽的惊喜和笑料。
转学到南葛小学的大空翼是一个热爱足球的少年，他在此结识了石崎、大姐头等一好友，还邂逅了最初的对手修哲小学的若林源三。热爱足球的孩子们齐聚求日本少年足球大赛，大空翼、若林、三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎等极具天赋的足球少年相继崭露头角，从小学到中学，这群孩子在球场上不断比拼磨练，相互赶超，渐渐成为了日本足球新生代的骨干。他们参加世青赛，远征欧罗巴，与当今世界上各路强者对决，跟昂首阔步迈近了世界杯的赛场…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编，囊括“小学生篇”、“中学生篇”、“ジュニアユース篇”、“Road to 2002”等4个部分，共52话。
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
