随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
兵藤一诚本是一个平凡的高中生，却莫名其妙地在第一次约会当中被真身为堕天使化身的女友杀害！ “你已经转生变成恶魔了。为我工作吧！” 在生命垂危之际，一诚被学校的学姐莉雅丝·吉蒙里所拯救，而代价则是被真实身份是恶魔的莉雅丝转生成她的恶魔随从。一诚为了主人的胸部还有自己的梦想，就此开始了“刺激”与“危险”的新生活！
自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的头脑，开始出现了庞大的”负荷”……
『Re:ゼロから始める休憩時間』（リ・ゼロからはじめるブレイクタイム）および『Re:ぷち Re:プチから始める異世界生活』（りぷち）は、AT-Xで本編終了後に放送された短編アニメ。『Re:ゼロから始める休憩時間』は本編で尺や展開の都合から触れることのできなかった事柄や設定を補足する内容が多い。『Re:ぷち』は本編とは関係がないスピンオフアニメとなる。
