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在充满日本风情的小乡村霞高原町“霞之里”私立志能备学园里，为了拜自己憧憬着的忍者“市川电藏”为师而来到了“志能备学园”的女孩子向日葵，和为了偿还被骗走的借金而来到学校的新任教师万里小路隼人，他们之间闹腾故事还将继续。

2031年，因维人（Invid）抵达饱经磨难的地球，宣布他们对史前能量拥有占有权。这个强大而善战的外星种族武装力量对地球守备军发起了摧枯拉朽般的攻势，在消灭了一切抵抗力量后，占领了地球。                                                                      　　得到消息的瑞克·卡特命令远征军（Robotech Expeditionary Force）舰队回航，于是庞大的船团开始转向。在主力舰队到达之前，已有数批先遣队抢先对因维人发动了攻击，然而等待他们的却只有恐怖和毁灭，因维军队轻而易举就使先遣队全军覆没。                                                                      　　占领地球的因维人几乎已到达进化的顶点。他们可以根据环境的需要，随意改变自己的形象和身体组成，甚至可以凭借自身的意志，将身体在物质态和能量态间自由转化。但具有讽刺意味的是，他们对史前能量的依赖性是最强的，表面上强大的适应能力被这致命的弱点牢牢束缚着，而拥有生命之花、作为“宇宙中已知最后一块史前能量聚集地”的地球，也就自然而然成为了它们的目标。                                                                      　　此时的人类虽然早已进入了星际殖民时代，但无论是在外星殖民地，还是遥远空间中行进的船团里，所有的人都把地球当做是他们的故乡。在他们的心目中，地球已经成为了一块圣地，是人类文明的象征。一方是为了夺回精神寄托，另一方则誓死要守卫最后的生存空间。于是在太阳系第三行星上，又一次发生了两个文明之间的激烈碰撞。                                                                      　　远征军先遣队的幸存者之一斯科特·博纳德在军队全灭的绝望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危难中他们团结一心，组成了活跃在敌人后方的游击队，在远征军对敌作战的同时与外星武装进行长年周旋。                                                                      　　漫长的战斗岁月里，游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与爱丽尔、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军，都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。                                                                      　　第三次宇宙大战的结局，再次以人类的胜利而告终，因维人在瑞吉斯的带领下，向茫茫宇宙的深处飞去，少数人则留下来，积极地融入了人类社会中。人类与外星人成功的结合再次证实了贯穿系列的主题：“爱能战胜一切”。                                                                      　　千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建造新的家园。太空堡垒时代的历史到此告一段落。也许在今后的日子里，人类还将面临更大的挑战，也许终有一天，人类文明也会步向终结，但只要还有美丽的歌声，只要还有爱，这个宇宙就永远不会寂寞。                                                                      　　在移民船团回航的途中，暗影堡垒III号(Shadow Dimensional Fortress Three)失踪了，没人知道它去向了茫茫宇宙的哪一个角落……

某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)",展开连番恶斗.                                                                      　　然而,神氏家族的付出却被百姓们所厌恶,认为他们就是招来Gaizok的元凶而遭到迫害.尽管被不信任,被出卖,被排挤,胜平一家还是坚持自己的立场,保卫地球......

早在远古时代，人类祖先刚出现于地球上没多久，坎贝尔星人奥蕾阿娜和大将军加鲁达便率军来到地球，正当他们准备支配控制地球之际，漫长的冰河时期来临了，他们只得潜入地下静候时机。                                                                      　　时间一转眼过去了三千多年，地球科学家南原猛博士在调查世界各地古代遗迹的过程中意外的发现了坎贝尔星人的足迹，并得知了他们妄图侵占地球的阴谋；为了应对随时可能到来的危机，他在国联协助创建的南原研究所中设计制造了超电磁机器人孔巴特拉V，挑选了五位青少年成为其驾驶员：自幼丧失双亲，在孤儿院“太阳学园”长大的暴走族——狂热机车爱好者葵豹马、奥运会射击鬼才浪花十三、九州阿苏地区出身的巨汉——柔道高手西川大作、自己的孙女南原千鹤以及IQ高达200以上的9岁天才小学生北小介；终于苏醒的奥蕾阿娜再次命加鲁达展开了对地球的侵攻行动，孔巴特拉V与坎贝尔星人奴隶兽、熔岩兽漫长而艰苦卓绝的死斗开始了……                                                                      　　本剧与长浜忠夫监督随后的《超电磁侠波鲁吉斯V》及《斗将戴莫斯》一起被合称为“长浜忠夫三部曲”，开创了日本机器人动画史上“合理合体”式超级机器人的先驱，而五机合体的设定构思也对后来的机器人动画及超级战队模式的特摄作品产生了极其深远的影响。

混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。

　　明日香（能登有沙 配音）是一个性格十分“天然”的特别女孩，她就读于初中三年级，无论是上学路上，还是在学校里，明日香经常会做出让人意想不到的天然萌举动、说出让人无法招架的话。加上长相甜美可爱，身材姣好，她所到之处都会卷起一股“明日香”之风，令周围的男性心花怒放。出场人物还有明日香的摄影师爸爸，以及同校的学妹等角色，明日香独特的个性也影响到身边人。
　　本动画改编自森泰士作漫画作品《天然萌少女明日香》。