大切な妹を守り統ける兄、長谷川現。純粋なまでに兄を慕う妹、長谷川夢.過酷な現実の中で、互いに寄 り添って生活をしたきニ人だったが、ある日、赤い蝶を見た夢は未知のウイルス「pupa」感染し異形の怪物 こ羽化、動物や人問を見境なく襲ってしまう. その事を知った現は「pupa」の秘密を知る研究者、マりアからウイルスの進行を抑える手段を聞き、自らの身体を生き餌として夢に棒げる事を決意するのだった…。
俺の戦うべき相手は――まだこの街にいる。少年は選んだ、自分の信念を。そして、少女を守ることを。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。10年ぶりに冬木市で始まった戦争は、「聖杯戦争」の御三家と言われた間桐家の当主・間桐臓硯の参戦により、歪み、捻じれ、拗れる。臓硯はサーヴァントとして真アサシンを召喚。正体不明の影が町を蠢き、次々とマスターとサーヴァントが倒れていった。 マスターとして戦いに加わっていた衛宮士郎もまた傷つき、サーヴァントのセイバーを失ってしまう。だが、士郎は間桐 桜を守るため、戦いから降りようとしなかった。そんな士郎の身を案じる桜だが、彼女もまた、魔術師の宿命に捕らわれていく……。 「約束する。俺は――」 裏切らないと決めた、彼女だけは。少年と少女の切なる願いは、黒い影に塗りつぶされる。