容姿端丽、最强无敌学生会长黑神目泷为你解决问题！ 一年十三组的黑神目泷入选成为箱庭学园第98代学生会长，她在选举战中根据公约设立“意见箱”。 “你们的梦想是你们自己的所有物，自己挑战就要自己实现，但是，你们的烦恼是我的所有物，一点不剩全部交给我吧！！！” 于是，黑神和她的青梅竹马“人吉善吉”开始共同解决学生们投递的案件。意见箱人送外号“黑神箱”，获得学生们一致好评，但是……
升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！ 目标仅仅是全国制霸！！ 名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！！
菜乃花自由（小西宽子 配音）自幼丧母，由父亲抚养长大。随着时间的流逝，对母亲之死一直无法释怀的自由慢慢的对忙于工作的父亲产生了怨怼。这一天，自由像往常一样走在上学的路上，一个武士打扮的怪异男子拦住了她的去路。怪人自称小田豪鲤之助（置鮎龙太郎 配音），目的是将一个可疑的眼罩送给自由。在半推半就下，自由收下了眼罩，却没想到这一举动，改写了她今后的人生轨迹。 原来眼罩为一代剑豪柳生十兵卫所有，而带上眼罩后的自由，居然变身成为了她的继承人。就这样，面对着不断出现的敌人，自由走上了一条争斗与斩杀的道路。而在修炼剑术的同时，自由也逐渐的理解了父亲对于自己和家庭所付出的辛劳。
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
