数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
阿波连玲奈是一个身材娇小，安静的女孩子，有点不太擅长把握与他人之间的距离。这让坐在隔壁座位的来堂同学，总觉得到有种距离感。 有一天，来堂同学捡起了阿波连同学掉在地上的橡皮，以此为契机两人之间的距离开始急速接近！！“时而太远”“时而太近”，阿波连同学难以预测。 迎来新学期后，这次连与转校生的距离也把握不好了！？ 在各种意义上“测不准”的紧贴系？青春爱情喜剧的大幕再次拉开！
嫡子誕生に沸くボーダー城。しかし、征服王マーダルの人馬兵の軍勢が突如侵攻してくる。圧倒的な戦力差の前に城はたちまち陥落、ボーダー王も戦死する。忠臣アズベスと共に辛くも城を脱出した王妃フェリアだが、追っ手に捕らえられ、残された王子ジョルディはアズベスの孫「ジョジョ」としてひそかに育てられる。アズベスとジョジョは惑星アーストの伝説に残る鉄巨人を捜し求める放浪の旅を続け、12年後に反マーダル勢力が立てこもる白い谷に辿りついた。マーダル軍の攻撃の中、少女チュルルに導かれたジョジョは古の鉄巨人「ガリアン」を発見し、征服王マーダルとの戦いをはじめるのだった。
第二季的女主角仍是第一季的六位女主角：少男杀手森岛遥前辈、爽朗的棚町薫、软绵绵的中多纱江学妹、丰满可爱的青梅竹马樱井梨穗子、帅气学妹七咲逢，以及班长绚辻词。而第二季的故事并不是橘纯一再次攻略所有女主角，而是在第一季的故事之后，以每人二话的长度，把六位女主角的魅力更深层呈现出来。
自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的头脑，开始出现了庞大的”负荷”……
