被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。面对的威胁——其名为“暑假作业”。作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。为什么会变成这样呢？心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。去了海边。也去了山上。因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。在盂兰盆节离开学生宿舍，回到千叶的老家。久违的家人团聚。
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。 丹衡（平川大辅 配音）和丹翡（中原麻衣 配音）兄妹两，身为护印师，担负起了保管最强兵器“天刑剑”的职责，却也给两人引来了杀身之祸。最终，天刑剑还是落入了蔑天骸（关智一 配音）的手中。为了追回魔剑，丹翡踏上了旅途，期间结识了凛雪鸦（鸟海浩辅 配音）和殇不患（诹访部顺一 配音）两人。
舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
