Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
时值大正—— 出生在富裕之家、衣食无忧的志磨珠彦，忽然遭遇了重大事故，失去了右手的自由、父亲的期待还有母亲。以修养的理由被赶到了乡下，不知不觉变成了厌恶世间一切的厌世家。一位名叫夕月的少女来到他的身边。原来她是父亲为了照顾珠彦而派来的妻子。一开始珠彦对于夕月感到厌烦，但是在夕月的笑容和温柔中逐渐展开心扉——最后，两人能成为真正的夫妻吗。大正怀旧爱情故事，开演！
伊藤启太（福山润 配音）是一个身世极其普通的少年，可是某一日，平凡的他居然收到了来自于超级贵族学校BL学院的入学通知书，怀着忐忑的心情，启太成为了这所豪华男校的一份子。在学校中，启太很快就结识了一群个性可爱的朋友们，甚至与童年的玩伴远藤和希（樱井孝宏 配音）重逢了。此外，还有超级以自我为中心的学生会会长丹羽哲也（小西克辛 配音），个性精明强干的副会长中岛英明（森川智之 配音），外表花哨华丽的“女王”西园寺都（神谷浩史 配音）和其副官——待人谦和彬彬有礼的七条臣（坪井智浩 配音），身为学院新人，启太受到了他们的诸多照顾。 由于不符合入学条件，启太即将被迫退学，正当大家为了留住启太而拼命努力的时候，启太发现，自己被卷入了一个逻辑缜密的阴谋之中。
《黏黏糊糊！！角质君》是以居住在毛孔中的“角栓”为主人公的短片动画。出生在鼻子小镇的角栓君黏稠男，与粗心马虎的角前辈、对于角栓世界无所不知的角老师......
