杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
近導ユウユは江端トウヤに敗れ、 チームブラックアウトの象徴ともいえる旗を燃やされてしまう。 呆然とするユウユたちの前にリーダーの桃山ダンジが戻り、 トウヤとのヴァンガードファイトに挑み、見事勝利する。 仲間たちがトウヤに罵声を浴びせる中、ダンジはチーム離脱を宣言。 さらに次のリーダーとしてトウヤを指名し、メンバーに衝撃が走る。 一方、惣川ハルカに率いられたチームデイブレイクの 名の下に旗狩りを続けるマサノリとシノブ。 そして、謎の少女・御薬袋ミレイ。 ユウユたちを待ち受けるものとは── 。
