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　　故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。                                    
                               　　同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？

无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……

女孩子穿透天花板，从2楼掉了下来！？                                                                      　　住在破旧公寓里的我，唯一感到治愈的，是美人房东和2楼的可爱女孩。                                                                      　　某天，天花板发出嘎吱嘎吱的声音……“啪叽！”一声破裂了，那个2楼的女孩在我的正上方从天而降……！？                                                                      　　通过奇迹般的桃色事件，偶然相连的心灵与身体。                                                                      　　之后，我竟然开始与2位美女共同生活！？                                                                      　　同一屋檐下，过于浓密的三角关系会如何发展……！？

　　动画剧场版《命运之夜—— 天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/stay night》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。
　　「圣杯战争」发生十年后，冬木市再次迎来了战争，一股不安的氛围笼罩着全城。有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱……

　　东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。