磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲、性格孤僻懦弱的茉莉。这四个普通学生最初缺乏使命感，但在与邪恶分子的斗争中，逐渐克服了各自的缺点，齐心协力获得了胜利，成为了真正的磁星骑士。
蓝瓶的精灵叫做库露露（水树奈奈 配音），充满活力的她无论做什么样的事情，总是冲在最前线。黄瓶的精灵叫做琪莉莉（名冢佳织 配音），个性单纯的她拥有着意外低的泪点。红瓶的精灵叫做莎拉拉（堀江由衣 配音），虽然个性有些冷淡，但在内心中，其实有着呆萌的可爱属性。绿瓶的精灵叫做荷洛洛（野中蓝 配音），成天都属于放空状态的她经常会做出一些让人啼笑皆非的举动。紫瓶的精灵叫做灵月月（桃井晴子 配音），凡是都以认真态度对待的她看起来真是可爱。 精灵们乘坐着五颜六色的漂流瓶来到人间，为的就是能够成为一个合格的人类，只要保持着单纯善良的本性，她们的愿望一定能够达成。
潜伏的怪物威胁、异世界的怪物，砂糖人。 人们并不知道，它们已经秘密进入了人间界。 人们也不知道，它们正袭击和绑架人类。 为了保护人类，一位青年挺身而出！ 那是一位非常喜欢吃东西的青年——生真。 通过吃下糖果，生真能创造出成为其眷属的存在「饱藏」，并获得变身为假面骑士的力量。 现在，生真为了保护人们的幸福而与砂糖人战斗的故事开始了！
