新天眼将主线设定为孩子们在生活中所面临的一些问题，比如说成长、梦想、教育、环保等，整个故事情节十分贴近生活。天眼和好朋友们的一个个生活小故事中展现了许多善良诚实、积极乐观、团结友爱的中华民族优秀品质，让孩子们在观看多彩动画的同时还能汲取一些精神养料。
乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
一个特殊的科学实验，一场奇妙的异时空探险。 君常笑带着系统来到了星陨大陆，继承了个默默无名的小门派。他必须在一百年内将宗门建设成星陨大陆NO.1，收徒达到十万，若是完不成，系统自爆连带他也会跟着玩完。 为了苟命，为了安全地回到原来的时空。他积极地“开宗立派”，教习收徒。帮派从他一个“光杆司令”，慢慢涨到百人。 大家在君常笑的带领下，盖房种地，抓鸡找狗，还要维护一方安宁随时随地锄强扶弱。 宗门里的徒弟们性格迥异，逗比的君常笑和大家打成一片，温馨的大家庭里欢乐无限。大家在活泼积极的氛围里，相互扶持，快速成长。 宗门养成任重而道远，君常笑带着众弟子上下而求索.....
因天书法力消散，守护之地“敦煌”将会有大难降临，舞天姬临危受命，下凡修缮天书。为完善天书法力，则需要重新经历天书中原本记载的故事。舞天姬带着神兽——天使猪猪来到了敦煌古城。正当她对如何开始修复天书一筹莫展之际，却意外误入莫高窟的壁画世界……
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
