故事发生在位于大阪的安倍商店街中，无论什么时候，这里都洋溢着热热闹闹的欢快气氛。个性大大咧咧的少女朝比奈由美（松冈由贵 配音）从出生起就生活在这条商店街上，和她一起长大的，还有活泼好动，满脑子都是奇思妙想的今宫圣智，两人可谓是青梅竹马的玩伴，商店街的每一条街道，都被他们牢牢的敏记在心间。 谁知道某一日，拆迁队的到来彻底破坏了商店街祥和的气氛，甚至引发了可怕的诅咒，这诅咒令商店街的居民们穿越到了一个又一个奇妙的世界之中，开启了他们充满了刺激的不可思议的冒险。
東京都高度育成高等学校。 進学率、就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される楽園のような学校だが、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校だった。 問題児の集まるDクラスに配属された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。 そこでは各クラスが入り乱れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。 他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狭間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな学園黙示録が今、再び幕を開ける。
頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由 配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜 配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。 雨过天晴，艳阳高照，庭园中久久不见秋月和雪野的身影，相会无期亦有期……
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
