故事讲述西元2060年的地球，人口爆炸，造成严重的社会问题，为了抑制入人口，凡是生育超过一个小孩的人都必须处死。岂料有一个超级花花公子竟然让100个女人怀孕，导致生下100个具有相同好色基因（DNA）的小孩散布在世界各地。为了解决这个可怕的问题，未来政府派遣一位少女特使－－加林，穿越时空来到90 年代，试图找出这个16岁的高中嫌犯：超级花花公子……
这是一个将艺术视为魔法的世界，每一年，星之森魔法艺术高中都会向世界各地输送大量具有魔法艺术家潜质的毕业生，他们会活跃在闪亮的舞台之上，给观众们带来快乐。爱咲小花（千本木彩花 配音）是学校里新来的转学生，盛大而重要的星之森夏日祭即将拉开序幕，初出茅庐的小花，竟然在误打误撞之中成为了祭典的实行委员。 外冷内热的一条寺帝歌（梅原裕一郎 配音）、特立独行沉浸在自己的世界里的墨之宫葵（大桥贤一郎 配音）、开朗元气的带刀凛太郎（小野友树 配音）、成熟圆滑的庵条瑠衣（羽多野涉 配音）、内向沉默的土笔茂音（苍井翔太 配音）、样貌可怕但内心却十分温柔的响奏音（江口拓也 配音），等待着小花的，是这六名有个各自独特风格的艺术家们，他们能够相处愉快吗？
有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
