遥远的，遥远的，时空的彼方。 宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。 创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。 三个种族回应了他们的呼唤。 黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。 当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。 黄金族把他们称为“黑铁族”。
伊藤启太（福山润 配音）是一个身世极其普通的少年，可是某一日，平凡的他居然收到了来自于超级贵族学校BL学院的入学通知书，怀着忐忑的心情，启太成为了这所豪华男校的一份子。在学校中，启太很快就结识了一群个性可爱的朋友们，甚至与童年的玩伴远藤和希（樱井孝宏 配音）重逢了。此外，还有超级以自我为中心的学生会会长丹羽哲也（小西克辛 配音），个性精明强干的副会长中岛英明（森川智之 配音），外表花哨华丽的“女王”西园寺都（神谷浩史 配音）和其副官——待人谦和彬彬有礼的七条臣（坪井智浩 配音），身为学院新人，启太受到了他们的诸多照顾。 由于不符合入学条件，启太即将被迫退学，正当大家为了留住启太而拼命努力的时候，启太发现，自己被卷入了一个逻辑缜密的阴谋之中。
特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的“银河斯特利姆形态”的登场。将前作规模升级，是一部全面展开冒险的特摄片。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
