工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
冰室桂子（榊原良子 配音）是如月女子高校的理事长，一次偶然中，她遇见了一位名叫早川凉（长泽美树 配音）的女孩，凉展现出了自己杰出的棒球天赋，这一切都被桂子看在眼底。在凉的身上，桂子看到了一个非常熟悉的身影。 桂子执意要在学校里成立硬式棒球社，曾经在柔道社效力，想要再一次证明自己的力量的大道寺真央（近藤尚美 配音）、非常擅长软式棒球的吉本光（永泽菜教 配音）、表面看似不良少女，但内心却充满了热血的森村圣良（氷上恭子 配音）、个性傲娇的大小姐冰室泉（金月真美 配音），这些个性迥异但同样对硬式棒球充满了热情的女孩子们接二连三的加入了进来。
“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。 我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
