在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。 远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……
阿久津栄太（あくつ えいた）は、ぼっちで陰キャのメカオタク。 そんな彼にも、心ひそかに憧れる女の子がいた。 超美人で明るい人気者のギャル・我妻マキナ（あがつま まきな）である。 そのマキナが、ある夜、栄太の家の玄関に現れる。 何やら様子のおかしい彼女が、いきなり裸をあらわにしてみせると…… そこにあったのは、人間とは異なる機械の体だった！ エッチのために作られながら、アダルト情報にアクセス制限をかけられたAIロボのマキナ。 女性には潔癖症で、どこまでもお人好しな童貞の栄太。 二人のメカバレ厳禁な同居生活が始まる！
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
